Wie man sich erzählt, hat ein örtlicher Lehrer am 30.05.1834 beim Kräutersammeln den Eingang zu Höhle (wieder) entdeckt. Ihm zu Ehren wurde die Eingangsspalte zur Höhle als Fauthsloch benannt. Bereits im Mittelalter war der Höhleneingang wohl bekannt, da man zu dieser Zeit hier einige Pest-Leichen “versenkte” – in der Folgezeit geriet die Höhle aber wieder in Vergessenheit.

Im Jahr 1949 entdeckte der Höhlenführer Karl Bez, als er den Flug von Fledermäusen beobachtete, einen kleinen Gang am Ende der Karlshöhle. In diesem weiteren Teil des Höhlensystems fanden sich deutlich mehr Bärenknochen, so dass der neu entdeckte Abschnitt als Bärenhöhle bezeichnet wurde.

Die Bärenhöhle sowie die mit ihr verbundene Karlshöhle ist mit jährlich etwa 105.000 Besuchern die meistfrequentierte Schauhöhle der Schwäbischen Alb und eine der meistbesuchten Höhlen in Deutschland. Dabei wird heute umgangssprachlich in der Regel der Begriff Bärenhöhle für das zusammenhängende Höhlensystem aus Karls- und Bärenhöhle verwendet.

Das Höhlensystem der Karls- und Bärenhöhle entstand über einen Zeitraum von etwa fünf Millionen Jahren. Bereits vor rund 20.000 Jahren wurde die Bärenhöhle von Höhlenbären, aber auch von Höhlenlöwen und Nashörnern frequentiert. Die Knochen der Bären sind teilweise noch heute zu besichtigen, ein rekonstruiertes Höhlenbären-Skelett ist in der Bärenhöhle ausgestellt. Zur Bärenhöhle gibt es auch im Gablenberger-Klaus-Blog einen Bildbericht.