Das Jahr 2005 geht zu Ende und die Bundestagswahl 2005 ist entschieden und erstmals hat die Bundesrepublik Deutschland eine Kanzlerin. Im Frühjahr 2006 sagt Angela Merkel (CDU) ihre Unterstützung für das Projekt “Stuttgart 21” zu. Dies ist aber rückwirkend betrachtet wohl eher ein symbolischer Akt, konkrete Konsequenzen oder eine Beschleunigung des weiteren Verfahren hatte dies nicht zu Folge. Der Verwaltungsgerichtshof Baden-Württemberg beschäftigt sich im April 2006 mit drei Klagen gegen den Umbau des Hauptbahnhofs, diese werden allerdings abgewiesen. Die Kläger beriefen sich darauf, dass das Alternativkonzept „Stuttgart 21 mit Kopfbahnhof“ den verkehrlichen Anforderungen besser gerecht werde und weniger Eingriffe in die Rechte anderer mit sich bringe. Das Gericht lehnte die Klagen ab und schloss sich auch nicht der Ansicht der Kläger an, durch Modernisierung des Kopfbahnhofes sei, im Gegensatz zum geplanten Projekt, ein vollständig integraler Taktfahrplan (ITF) möglich. Die Akzeptanz des Bahnprojektes wurde durch diese Entscheidung sicherlich nicht gesteigert – die Entscheidung bezog sich eher auf die juristischen Punkte der Klagen und beschäftigte sich nur am Rande mit den inhaltlich eigentlich entscheidenden Punkten zur Verkehrstauglichkeit.
Am 23. Oktober 2006 wurde, im Rahmen eines Spitzentreffens mit Vertretern von Politik und Bahn, eine endgültige Entscheidung über das Projekt bis März 2007 angekündigt. Bis dahin wollte die Bundesregierung die Wirtschaftlichkeit genauer überprüfen. Erste Stimmen aus Bahnkreisen lassen im Herbst 2006 verlauten, dass man mit einer deutlichen Kostensteigerung rechnet: Der Umbau des Bahnhofs und dessen Anbindung an die Neubaustrecke nach Ulm könne wegen Baukostenrisiko um bis zu eine Milliarde Euro teurer werden.
Auch 2007 gibt es für den Verwaltungsgerichtshof Baden-Württemberg wieder die unrühmliche Aufgabe, über vier Klagen gegen den Fildertunnel zu entscheiden. In seiner Entscheidung wird die Klage abgewiesen, da die der Klagen zugrunde liegenden Risiken nicht geteilt werden. Auch das Bundesverwaltungsgericht in Leipzig bestätigt das Urteil im Juni 2008. Die Verbindung zwischen dem geplanten Tiefbahnhof und der Filderebene darf gebaut werden. Der Fildertunnel wird im nächsten Akt der Hauptdarsteller sein.
Die für März 2007 angekündigte Entscheidung über einen Zuschuss des Bundes in Höhe von knapp 500 Millionen Euro zu den Baukosten des Bahnhofs wird erneut vertagt. Im Mai 2007 werden vom Bund und der Bahn Forderungen laut, dass die Stadt Stuttgart die möglichen Mehrkosten in Höhe von einer Milliarde Euro übernehmen soll. Damit geht die Streiterei um die finanziellen Belastungen weiter…