Am 23. April und 28. Juli 2007 kam es zu weiteren Spitzengesprächen zwischen Bund, Land, Stadt und Bahn, in denen unter anderem die Finanzierung, insbesondere die Übernahme des Baukostenrisikos, diskutiert wurde, jedoch können sich das Land Baden-Württemberg, die Stadt Stuttgart und die Bahn nicht einigen, wer welche Finanzrisiken trägt. Es kommen weitere Kostensteigerungen zu Tage und man überlegt ob aus Kostengründen statt einem separaten Flughafen-Bahnhof der Umbau des bereits vorhandenen S-Bahn-Halts möglich ist.
Nach Kostensteigerungen und der Diskussion um die Finanzierung von Stuttgart 21 gründet sich am 19.07.07 das Bündnis "Bürgerentscheid gegen Stuttgart 21". Dieses Datum ist auch der Zeitpunkt, an dem sich (für viele überraschend kurzfristig) der Bund, die Bahn, das Land und die Stadt Stuttgart in Berlin auf die Finanzierung einigen. Das Land übernimmt 950 Millionen Euro für das Bundesprojekt Schnellbahnstrecke von Stuttgart nach Ulm. Hintergrund dieser überraschenden Ergebnisfindung: Bis zum 20.07.07 müssen die Förderanträge für Stuttgart 21 zur EU-Kommission geschickt werden – sonst gibt es kein Geld aus Brüssel. Offensichtlich hat diese Frist bei allen Beteiligten zur Verhandlungsbereitschaft beigetragen. Damit ist ein Schritt in Richtung Umsetzung des Projektes gemacht.
Der Aufsichtsrat der Deutschen Bahn AG stimmt dem Projekt “Stuttgart 21” am 5. September zu. Das im Frühsommer gegründete Bündnis macht mit einer Unterschriftensammlung ab Oktober 2007 mobil und versucht einen Bürgerentscheid zu erzwingen – in Anbetracht der grundsätzlichen Finanzierungsvereinbarung vom 19.07. wird der Aktion allerdings im Rathaus wenig Erfolgsaussicht eingeräumt. Das Ziel der Unterschriftensammlung ist es, mindestens 20.000 Gegner des Projektes zu finden. Am Ende wird die erwartete Zahl der Unterschriften zwar um mehr als das dreifache überschritten – an den Fakten wird dies jedoch erst mal nichts ändern (aber dazu später)