Am 14. November 2007 wurden vom Bündnis gegen Stuttgart 21 im Rathaus 67.000 Unterschriften gegen das Projekt im Rathaus übergeben, davon erwiesen sich immerhin 61.193 (der Rest war z.B. doppelt und aus anderen Gründen ungültig) – für einen Bürgerentscheid notwendig sind nur 20.000. Das erklärte Ziel des Bündnisses, einen Bürgerentscheid zu Stuttgart 21 zu erzwingen, wird allerdings zunächst nicht erreicht.
Der Antrag auf Zulassung eines Bürgerentscheids über den „Ausstieg der Landeshauptstadt aus dem Projekt Stuttgart 21“ wurde am 20. Dezember 2007 vom Stuttgarter Gemeinderat mit 45 zu 15 Stimmen abgelehnt, mit der Begründung, dass er rechtlich unzulässig sei; der Bürgerentscheid richte sich gegen Grundsatzbeschlüsse des Gemeinderats aus den Jahren 1995 (Rahmenvereinbarung) und 2001 (Ergänzungsvereinbarung) und sei entsprechend der Gemeindeordnung für Baden-Württemberg, die eine Antragsfrist von sechs Wochen nach Veröffentlichung der Gemeinderatsbeschlüsse vorsehe, verfristet; außerdem verfolge der Bürgerentscheid das gesetzeswidrige Ziel der Aufhebung der bereits vor Beantragung des Bürgerentscheids wirksam abgeschlossen Ergänzungsvereinbarung; zudem sei das Ziel der Aufhebung unzulässig, weil es eine dem Gemeinderat vorbehaltene finanzielle Grundsatzentscheidung betreffe.
In einem Brief an die Stuttgarter Bürger erklärte der Oberbürgermeister die Entscheidung. Das Aktionsbündnis reagiert dagegen mit einem offenen Brief, in dem der weitere Weg und die gerichtliche Weiterverfolgung eines Bürgerentscheides angekündigt wird.
Am 30. Januar 2008 legten Vertreter des Bürgerbegehrens beim Regierungspräsidium Stuttgart Widerspruch gegen einen darauf aufbauenden Bescheid des Stuttgarter Oberbürgermeisters vom 9. Januar ein. Am 24. April 2008 lehnte der Gemeinderat der Stadt einen Widerspruch von Projektgegnern ab. Das Regierungspräsidium wies im Juli 2008 die Widersprüche als unbegründet zurück. Nun liegt der Vorgang beim Verwaltungsgericht Stuttgart – zu klären ist die Zulässigkeit eines solchen Bürgerbegehrens. Mit einem Urteil wird allerdings erst nach den im Juni anstehenden Wahlen gerechnet – ob das für die Wahlentscheidung positiv oder negativ sein wird, dürfte der Wahlkampf und das Ergebnis der Wahlen zeigen.
Oberbürgermeister Schuster sieht im Bürgerbegehren eine „Angstkampagne“, hinter der sich auch wahltaktische Interessen verbergen würden. Er bezweifelt die rechtliche Zulässigkeit eines solchen Befragung. So stünden Fragestellung und Begründung mit der Gemeindeordnung in Konflikt. Ferner sei ein Bürgerentscheid gegen ein bestehendes Baurecht sinnlos, es wurden bereits 300 Millionen Euro in die Planung investiert und aufgrund eines Verwaltungsgerichts-Urteils gibt es keine andere zulässige Variante. Nach mehr als 170 Stadtrats-Sitzungen zu dem Bauprojekt und nachdem alle Beschlüsse mit einer Dreiviertelmehrheit gefasst sind, sei das Projekt demokratisch legitimiert. Die Stadtverwaltung hat ein Gutachten zur rechtlichen Situation des Bürgerbegehrens beauftragt, dessen Ergebnisse im Dezember 2007 vorgelegt wurden. Danach ist das Bürgerbegehren rechtlich nicht zulässig. Die Gegner des Projektes haben ein eigenes Gutachten in Auftrag gegeben, dass zur gegensätzlichen Auffassung kommt.